就自閉症的成因，仍未有定案，現有多種假說：
1、自身障礙假說
2、基因說
20%的自閉症患者中，他的家族可找到有智能不足、語言發展遲滯和類 似自閉症的。此外，自閉症男童中約10%有X染色體脆弱症。
3、腦雄性荷爾蒙過高說
4、營養不足說
5、消化功能不足說
6、葉酸說
7、疫苗說
此學說首次提出，是在1988年2月出刊的刺針雜志刊出由AndrewWakefield為首的研究，表示自閉症可能和麻腮風三聯疫苗有關。但此研究有人批評可信性成疑。因為AndrewWakefield有利益沖突。二零零五年十月，考科藍協作網總結了31項有關自閉症和麻腮風三聯疫苗的研究，未有證據證明麻腮風三聯疫苗與自閉症有關。1998年由Gillberg領導的研究，分析瑞典由 1975至1984年的數據，發現加入麻腮風三聯疫苗于防疫計劃之前和之後，自閉症的發病率沒有統計學上的明顯分別。Madsen等于2002年發表的研究，分析丹麥由1991年至1998年的數據，也發現有接種麻腮風三聯疫苗與沒有接種麻腮風三聯疫苗之兒童的自閉證病發率沒有統計學上的明顯分別。 Kennedy首次發表Thimerosal（一種含有有機水銀的疫苗防腐劑）可能和自閉症有關。他分析了水銀中毒和自閉症的病征相似之處，也表示安曼教派兒童沒有接受防疫注射，自閉症發病率很低。此研究沒有任何流行病學數據支持。可是，美國疾病管制中心回應此研究，指Thimerosal不似是自閉症的原因。但基于公衆憂慮，疾病管制中心、食物及藥物管理局，及國家健康署共同于一九九九年發表聲明，要求藥廠停止使用Thimerosal作為疫苗防腐之用。 Geier等發表了十一份研究，指出自閉症和兒童接種疫苗有關。他根據美國Vaccine Adverse Event ReportingSystem(VAERS)數據進行分析，指出美國防疫計劃使用沒有含有Thimerosal的疫苗後，美國兒童的自閉症發病率有所下降。美國兒科協會嚴重指摘此研究，表示VAERS的數據有偏頗，不能用于流行病學研究。Madsen的研究也發現，就算丹麥于1992年停用 Thimerosal，自閉症的發病率也不跌反升。
8、腦創傷說
包括在懷孕期間窘迫性流産等因素而造成大腦發育不全，生産過程中早産、難産、新生兒腦傷，以及嬰兒期因感染腦炎、腦膜炎等疾病造 成腦部傷害等因素，都可能增加自閉症機會。
9、細菌或病毒入侵說
婦女懷孕期間可能因德國麻疹或有流行性感冒等病毒感染，使胎兒的腦部發育受損傷而導致自閉症。
10、免疫系統失效說
11、血型說
12、神經元說
13、心理障礙假說
14、自然變異假說
15、如苯酮尿症等先天的新陳代謝障礙
造成腦細胞的功能失調和障礙， 會影響腦神經訊息傳遞的功能，而造成自閉症。
自閉症成因
心靈引領成長
50
500
1,000
