基地的主要核心，在這邊可以看到基地內部的所有情況，同時也可以偵測到有沒有外來者接近、入侵或是有沒有遭受到鎖定攻擊，並且也包含了操控基地的武器進行支援或反擊的動作。
指揮中心同時也包含著與外出進行探索和拓荒的人員進行通訊的工作，基本上如果探索、拓荒人員需要人手支援或是攻擊支援的話主要還是需要指揮中心許可才可以進行動作。
在指揮中心內部擔任基地整體指揮官的人是來自外來調查團的蘇菲娜女士。
目前指揮中心可以進行的工作：
基地主ＡＩ（沉睡）
與探索、拓荒人員進行通訊
偵查有無外來者接近或入侵
基地整體情況判斷
一到四號人員出入口開關
五到八號載具出入口開關
基地內部監視
外部反擊系統（維修中）
外部防禦遮罩（維修中）
外部迷彩立場（損壞）
外部干擾裝置（損壞）
內部防禦系統
？？？（封鎖）
指揮中心
機械之靈
50
500
1,000
