各船艦皆擁有自己的意識，不需要操船人員，為依照著自己的判斷在各自所屬的旗艦指揮下行動。每個重巡洋艦或戰鬥巡洋艦等級以上的大型船艦才會擁有心智模型，是個外貌為人類女性的姿態，為該船艦的意識具現象化的存在。有著離開船艦行動、以多數出現等能力。漫畫中瞳孔形狀的些微差異與進行操艦運算，通訊時臉孔與身上會浮現紋路是少數異於人類的特徵。至於為什麼都是女性，似乎只是單純誤認人類會將船取女性的名稱所為。

（東洋方面巡航艦隊）

包圍日本的海霧艦隊總稱，配有第一至第三艦隊。第一艦隊旗艦為「長門」，第二艦隊旗艦為「日向」，第三艦隊的旗艦為「金剛」，每個艦隊由大戰艦1至3艘、重巡洋艦3至9艘、輕巡洋艦及驅逐艦9至27艘、補給艦和先行偵察艦組成。

二年前，第二艦隊旗艦「日向」遭「伊401」擊沉，第二艦隊因此停止活動。後在總旗艦「大和」的分配下，艦隊重新編成，第二艦隊的殘存艦編入第一與第三艦隊，「金剛」率領的原第三艦隊艦隊改為第一艦隊，「長門」率領的原第一艦隊改為第二艦隊。

（派遣艦隊）

在「伊401」擊退重巡「高雄」，順利進入橫須賀地下軍港後，由「金剛」下令組建，自第一艦隊中分離出來執行襲擊橫須賀港、逼出「伊401」任務的分遣艦隊。

成員有大戰艦「榛名」、大戰艦「霧島」、重巡「摩耶」以及數量不明的驅逐艦與輕巡洋艦。

在「榛名」、「霧島」都遭擊沉後，「金剛」調回了所有驅逐艦與輕巡，只留下重巡「摩耶」協助「榛名」、「霧島」將刑部蒔繪帶回海霧的行動。

最初沒有設置旗艦，但是在「金剛」調回所有驅逐艦與輕巡之後，陸軍襲擊刑部宅邸前，艦隊唯一艦體完整的成員「摩耶」將「榛名」確認為特遣艦隊旗艦[28]。在此之前，多是由性格較強勢的「霧島」領導。