第一期：數碼獸合體戰爭
第01話至第30話一天，工藤大器偶然聽到了神秘聲音的呼喚，與朋友們一起來到了數碼世界，在那裡認識了眾多的數碼獸同伴並且成為指揮官建立「Xros Heart」團隊。意想不到的是，在數碼世界中除了他們外竟然還有別的人類在數碼世界中活躍著……然而，為了防止邪惡的巴古拉軍企圖稱霸數碼世界，他們將要努力地收集水晶（Code Crown）來保護各個領域（Zone），擔負起拯救數碼世界的命運。
第二期：數碼獸合體戰爭 ～邪惡的死亡指揮官與七個王國～
第31話至第54話被巴古拉獸擊回到人類世界的工藤大器和高吼獸，經過東京大決戰留在人類世界一天後，相對地數碼世界已經過了好幾個月的時間，並落入了巴古拉軍支配下的地獄世界，分裂為七個國家（Land），由七名巴古拉軍手下的死亡指揮官所統治，而這七名死亡指揮官就是本篇章的主要敵人。為了讓數碼世界再次得到和平，工藤大器和高吼獸決定再次回到危機四伏的數碼世界中。此外，本篇章亦出現全新力量「超進化」。
第三期：數碼獸合體戰爭 ～穿越時空的少年獵人們～
第55話至第79話與巴古拉獸的最終決戰已經過去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入讀大器所讀的中學，並與大器組成「Xros Heart」的籃球隊，過著悠閒的生活，而隊伍中還有一名尊敬著大器學長的成員-明石激。一天，明石激被捲入了「數碼晶界」所發生的異變之中。
Ｄ級主線：存活到結晶獸捕獲戰，並攻擊到結晶獸五次。
主線完成獎勵：１０００點境界點數，強化點數３點
此劇情為？人劇本
此劇情支線獎勵項目：
捕獲究極破壞龍獸：
捕獲火巫師獸：
捕獲黑色戰車獸：
成功掌握奧米加進化：
成功捕獲結晶獸：
注意事項：
進入時間為明石小進得到Xros Loader的一個月前
任務者在此世界的期間，會得到一個職業或是學生的身分
數碼獸合體戰爭
關於公會部分
主角角色與角色創造
最終境界
50
500
1,000
目錄
