此條目收錄得是屬於較為雜項的各種神奇寶貝傳說，另外有些比較特別的，則各自另外分成一條了。
失蹤編號（けつばん/Missing No.）
失蹤編號是四色版裡一隻有名的BUG神奇寶貝，總共有五種不同的形狀：紅藍版與黃版各一種混雜的狀態、化石盔化石、化石翼龍化石與紫苑鎮的鬼。
要遇到失蹤編號，首先必須去找教你怎麼抓神奇寶貝的老人說話。
在教你怎麼抓的時候，主角的圖像及名字都會變成老人的，而這時主角的名字會被放到一塊不怎麼會讀到的緩衝區裡。
但是在紅蓮島或雙子島遭遇神奇寶貝時，這塊擁有主角名字的記憶體就會被讀取，遊戲便會依玩家名字的資料來決定遇到的是什麼神奇寶貝。
要是玩家名字的十六位進制資料裡沒有一般神奇寶貝的代碼的話，為了防止遊戲發生更嚴重的錯誤，被稱為「失蹤編號」的神奇寶貝就會出來與玩家對戰。
在遇到失蹤編號後，殿堂裡的資料就會永久損毀，道具欄裡第六項道具會增加成128個，然後遊戲會出現暫時性圖像錯誤。
因為牠的名字叫做失蹤編號，有玩家開始懷疑牠們是否為本應在初代中出現，但遊戲製作後期卻被刪除的神奇寶貝。
失蹤編號總共有39種，而其中9種有獨特的叫聲。
這些叫聲的資料存在於其他真正神奇寶貝的的叫聲資料們之間，不太可能是垃圾資料。
網路上也有森本茂樹開發過190隻神奇寶貝的傳聞，而151+39=190這件事讓這個推測變得更加可信。
搞錯了的進化
據說毛球的正確進化應為巴大蝴，而鐵甲蛹的正確進化應為末入蛾。
這是因為鐵甲蛹的眼睛很像末入蛾，而毛球的眼睛、牙齒很像巴大蝴。
有玩家猜測可能是官方無意中搞錯了兩者的進化，可是發現有關錯誤之時已經來不及修正，於是將錯就錯。
雖然毛球變成巴大蝴、鐵甲蛹變成末入蛾怎麼想也有些不合理的地方
也有謠傳大舌貝是可以五段進化的
這是因為鐵甲貝和鬼斯的核心部分十分相似，而且兩者的全國編號相鄰，不少玩家認為兩者存在進化關係。
第五世代加入強化神技「破殼」後，這個傳說更是被玩家們瘋狂惡搞。
藤蔓怪之謎
據說蔓藤怪是來自在關都21號溺死的女孩，死後被蔓藤纏著，成為了蔓藤怪，並繼續把人類拉下水陪伴牠。
由於初代沒有女主角，在同人創作中一般認為死者正是第一世代的原女主角。
蔓藤怪腳下的長靴或許就是那個小孩的穿著，那位始終沒出現的女主角－小藍。
不過所謂的「初代沒女主」，後來確認只是為了繪製封面而臨時設計的角色。
蔓藤怪，藤狀神奇寶貝。全身有藤蔓覆蓋住，內容物完全不明。
拉達之死
初代中，在聖安奴號的戰鬥之後，小茂的隊伍裡就再也沒有出現拉達。
在那一戰之後，主角會在惡名昭彰的紫苑鎮神奇寶貝塔中遇到小茂看著某個墳墓。
於是一個假說開始流行了起來：是不是拉達在之前聖安奴號中與主角的戰鬥中受到了嚴重的傷害，在沒有及時趕到神奇寶貝中心的狀況下，小茂的拉達就這麼死掉了。
當然也可能和主角沒有半點關係。
在官方的恐怖傳說實錄中有提到這個事件，但沒有明言是否真的死了。
耿鬼的秘密
耿鬼的起源有兩個說法，一說是來自皮可西的影子，也有一說是來自被鬼斯通吃掉的皮可西。
原因是耿鬼和皮可西不但長得很相似，而且體重和身高十分接近。
耿鬼 身高 1.5m 體重 40.5kg
皮可西 身高 1.3m 體重 40 kg
雖然耿鬼和皮可西相比之下，高了20cm，但是兩者的體重卻十分相近。
但是，在進化為耿鬼之前的鬼斯通，身高1.6m，體重卻是只有0.1kg。
那麼剩下的40.4kg又是從哪裡來的呢？
因此也有人猜想，耿鬼其實是鬼斯通附身於皮克西上，進而操控皮克西的結果。
另一個耿鬼的傳說是在紅綠版的時代，搭船去某個地方的話會有一個BUG出現，之後畫面會出現「genga-ha nakahasikoyo」這段話初代哪來的搭船去別的地方啊。
這句話有兩種翻譯：「原畫是中橋高洋」以及「耿鬼是中橋高洋」。
但是第一個發現這個BUG的網友找了找製作名單，並沒有叫做中橋高洋的人。
那麼這名畫師也許在遊戲製作還沒結束前就已經離開了，而耿鬼是為了紀念他放進去的，所以鬼斯通進化的耿鬼才會變的那麼像人型。
網路上也流傳著在金銀版中將耿鬼的叫聲以慢速倒放就會聽到「nakahasikoyo」，這音節也太多了吧
消失於雪山的少女
在神奧地區217號道路上的北邊屋子裡，有一名少女會把詛咒護身符這個道具送給玩家。
然而當玩家再度進入那個屋子裡時，那名少女卻消失不見了。
有一說是這名少女是個幽靈，所以才會因為給出了詛咒護身符而消失不見。
詛咒護身符是一個增強幽靈系技能的道具，也許當少女把這個道具送給玩家後，她失去了能夠維持實體的力量，所以才消失不見了。
在加上附近的訓練師也說該地區有幽靈出沒。所以這個假說的可能性非常的大，但是事實還是只有任天堂知道。
無論如何，少女與幽靈是逃不了關係的。
另外，雪妖女的圖鑑寫著它是在雪山遇難的少女變成的，所以也有人認為少女的身分其實是雪妖女。
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三柱神與二次世界大戰
有玩家發現三神柱的設定，與第二次世界大戰有一定程度的連繫。
豐緣地區是以日本九州為原型，而三神柱的出現地點，正好對應了二戰期間日本被大規模空襲的地點。
雷吉洛克所在的位置是111號道路，對應著九州的大分。
雷吉艾斯所在的位置是105號水道，對應著九州的長崎。
雷吉斯奇魯所在的位置是120號道路，對應著九州的宮崎。
而在有關地點出現的盲文，翻譯出來的內容可能是在戰亂中記錄的筆記。
「我們住在這個洞裡 在這裡生活」
「這一切都歸功於神奇寶貝」
「不過 我們把那隻神奇寶貝封印起來」
「因為實在太可怕了」
「勇敢的人們 未來充滿希望的人們」
「把門打開吧 在裡面有著永恆的希望」
「帶著新時代與希望和愛 以天空為目標」
以盲文顯示的內容，以及三神柱特殊的外形，似乎暗示著因戰爭而變成殘疾的人們。
在鑽石/珍珠版中，位於切鋒市的雷吉奇卡斯的位置正好是北海道的宗谷支廳，裡面的稚內市有許多紀念因戰爭而死的人們的慰靈碑。
裡面有一名為「祈求之塔」的高塔，表達的涵義是「期望世界永遠和平」，正好與盲文中的「永恆的希望」互相呼應。
三神柱和雷吉奇卡斯皆有共同的格鬥系弱點，意味著在武力下的不堪一擊。
另外三神柱能夠習得的技能，與原爆也有一定程度的關係。
三神柱可以透過技能回憶習得「大爆炸」，暗示了原爆的回憶。
它們能夠自力習得「破壞死光」的等級是89，剛好對應了長崎原爆的日期（8月9日）。
據說任天堂已承認以上的內容，目的是為了讓孩子領會二次大戰的慘痛回憶。
紅色的暴鯉龍與憤怒之湖
成都地區裡有一座憤怒之湖，裡頭住著一隻紅色的暴鯉龍。
傳說中，這座湖本來叫鯉魚王之湖，裡頭住著許多的鯉魚王。
住在那裏的漁民每天都抓了大量的鯉魚王來吃，而且絲毫沒有感恩之心的將魚骨丟回湖裡，因為他們相信那樣的話鯉魚王就會重生。
那裡的鯉魚王因為日復一日的被抓來吃變得越來越憤怒，有一天，一隻鯉魚王進化成了暴鯉龍。
那隻暴鯉龍憤怒的把漁民全都吃掉了，那些漁民們的血在暴鯉龍體內起了變化，將暴鯉龍染成了鮮紅色。
不過在遊戲中，主線劇情就有提到那隻紅色暴鯉龍，是因為受到火箭隊影響被迫進化才變成這樣的。
謎之場所與送行之泉
在神奧地區，「送行之泉」是亡者前往靈界的地方，同時也是連接破格世界的地點。
在珍鑽版時，在四天王阿柳房間前的門口可以使用衝浪到達一個名為謎之場所的地方。
謎之場所是個一片黑的地區，沒有任何人與建築物，而在那裡用了穿洞繩後就會回到送行之泉。
那麼既然送行之泉是往靈界的地點，而玩家在謎之場所用穿洞繩就會回到那裡，那麼謎之場所說不定就是死後的世界？
要是主角超過了送行之泉的話，也許主角就再也無法從那裡回來了吧…
但是亦有說法稱謎之場所只是方便遊戲進行內部測試而出現的。
蓋諾賽克特與911
蓋諾賽克特在11等時能學會鎖定，77等時能學會自爆。
在911事件中，最初撞上世貿中心的飛機是美國航空11號班次，而最後撞上的是同為美國航空的77號班次。
這次事件因為與恐怖分子鎖定了世貿大樓帶著飛機進行自殺式攻擊（也就是自爆），所以有人認為蓋諾賽克特是與恐怖攻擊有關的神奇寶貝。
而在電影版《神速的蓋諾賽克特 超夢覺醒》的預告片中，蓋諾賽克特高速飛往大樓的片段亦會讓人聯想到911事件。
在73等的時候蓋諾賽克特能夠學會破壞死光，而這也常常被認為與1973年9月11日的智利政變有關。
在智利政變中，政變軍從總統宮殿上空進行襲擊而導致宮殿陷入火海。在911裡，兩座被撞的大樓也是在火海裡倒塌。這就像是說蓋諾賽克特的弱點：火四倍一樣。
夢幻與卡車
在初代四色版與火紅葉綠中，在主角進入聖安奴號前路旁的島上有一輛卡車。
傳說中只要用HM04蠻力推那輛卡車的話，夢幻就會跳出來與你戰鬥，你也可以抓到夢幻。
會有這謠言的原因是因為那個小島上只有擺了卡車，所以就顯眼了許多。
在沒什麼背景物品的初代中，顯眼的東西對玩家來說當然會覺得裡面藏著什麼稀奇的東西。
尤其那輛卡車在的地方因為需要衝浪，而一般的遊戲過程中在拿完一字斬後船就會開走，所以根本無法去調查那輛卡車。
其實只要在拿完一字斬後馬上輸給船上的訓練師，聖安奴號就不會開走。
除此之外，玩家也可以利用交換或者某個遊戲漏洞再度回到那個地點。
無論如何，這個謠言已經被證實是錯的了。
不過火紅葉綠版裡調查那輛卡車的話會得到釜炎仙貝，大概算是任天堂對於這個傳說的回應。
另外夢幻本身不正式存在於紅綠版之中，只是森本茂樹出於對夢幻的喜愛，利用Debug後剩餘的容量，將夢幻秘密加入遊戲中作為測試神奇寶貝。
正常流程中是無法見到夢幻的，只有部分發生了錯誤的遊戲片能夠偶然遇到夢幻的圖鑑。而由於任天堂早期認為夢幻是一個遊戲殘留數據，對於其存在不予置評，久而久之成了都市傳說，直到後來才確立其存在。
由於在初代夢幻和卡車一樣是都市傳說的存在，可能導致人們將將這兩個都市傳說混為一談而產生連結。
另外也有一都市傳說可以籍由尼比市博物館的太空船到達太空捕捉夢幻。
白銀山的RED(初代主角小智)
在金銀時期，在白銀山頂上等著玩家的RED因為小茂表示他已經失蹤了許久，從頭到尾沒說話，而且打完後就突然消失了，所以有許多人認為RED在那時已經死了。
金銀水晶版的白銀山內部十分陰暗，需要使用「閃光」照明，可是RED所在的房間卻異常明亮，讓人懷疑當中的光芒是來自RED的鬼魂，而該房間正是由RED所製造的異空間。
事實上，假設白銀山是一座類似火山結構的山脈，便可以合理解釋為何RED身處的位置會明亮，這可能是RED站的地圖正是火山口位置。
在心金魂銀中，白銀山的佈局被大幅度修改，山洞內部變得明亮，而RED的位置則改為在山洞之外。
在與RED對戰過後，小茂會告訴玩家RED聯絡他說了自己打輸的事，所以這個傳說就此結束。
森之洋館慘案
在神奧地區的百代森林裡，有一座被稱為森之洋館的棄屋，晚上會鬧鬼。
就像PM裡其他會鬧鬼的地方一樣，當然就會開始流行起各種假說來。
有一說這是一件殺人案，原本一名老爺爺與兩名一男一女的孫子在洋館幸福的住著。
有一天，一名青年進來也住進來了。青年是老爺爺的弟子，所以才借住在他們家承受老爺爺的教導。
但是青年其實只想要他們家的保險箱密碼與珍稀神奇寶貝以及孫女，於是他就向孫女下了手。
某天青年打算把爺爺與男孩毒死，但是被少女看到了。計畫敗露的青年於是把大家都殺了，男孩僥倖逃過一劫，並在幾年後成為保安每天回來祭祀姐姐與爺爺。
另一說則是這棟洋館裡的老爺爺與女孩都是被紅眼惡靈殺的，只要在遊戲中達成某些步驟的話，有名老奶奶會來告訴你事情的來龍去脈。
第三種說法則是由百代道館菜種所殺的
故事中菜種由於害怕鬼所以拒絕進入館內，可能是心虛，加上要進入洋館需要只有她的徽章才能使用的｢聚合斬｣，讓這種說法有一定的支持度。
初代的時間點，正處於戰爭時代
當年玩家玩著神奇寶貝，玩著玩著發現
為何遊戲世界裡面的中年男子會如此的少？
為甚麼那些天天找玩家決鬥的訓練師大多都是小孩子？
為甚麼有這麼多的小孩好像沒人要一樣四處流浪著？
反倒是遊戲中出現為數不少的老年人(如大木博士)，以及中年女子(如主角的母親)，但中年男子卻是如此的少？
主角的爸爸呢？主角宿敵的爸爸呢？
一些神奇寶貝的愛好者對於此事有不少的猜想，並想出了一些故事去合理化這些事情。
初代電屬性館館主馬志士講過，他當年差點死在一場血腥的戰爭中，好在那時候他的神奇寶貝救了他，而他道館裡的中年男子，也差不多都是打過仗的軍人，想像一下，一群人使用大量的神奇寶貝，像是噴龍火來攻擊人類，會是一場多恐怖的戰爭。
因此，有人猜測在那戰亂年代，關都地區發生了一場血腥的戰爭，許多男人（包括主角和其宿敵的父親）都死於那場戰爭下！
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