在火影忍者正式故事展開的12年前（第一部），一隻被稱為九尾妖狐的尾獸襲擊木葉忍者村，傳說它一揮動尾巴就會山崩海嘯。時任火影——第四代火影波風湊犧牲自己的性命，把九尾封印在剛出生的兒子漩渦鳴人身上。
第四代火影被村裡的人認為是英雄，體內封印著九尾的鳴人則被視為妖狐的化身，而不是－－四代火影所希望的──封印妖狐的幕後功臣，因此鳴人自小就被人用看著「怪物」的眼光看待。
復出的第三代火影已經禁止知情的村民提到這次的九尾突襲事件，但是此舉仍不能阻止人們排擠鳴人。就連不知情的年輕一輩，在父母的感染下，亦疏遠、歧視鳴人。因此，鳴人從小備受孤立。如同伊魯卡老師小時候的想法：「被當成笨蛋總比被當成透明人好」，為了引起其他人注意，鳴人經常惡作劇。但這種狀況在他成功通過忍者學校的畢業考試，且讓伊魯卡老師成為第一個認同他的人後逐漸改變，並以成為「火影」為目標努力，目的是要讓所有人都認同他的存在。
火影忍者故事既包含嚴肅和娛樂的情節，整個故事以鳴人及其朋友的成長為核心，並描繪他們在人生經歷當中的相互感情。主要主角包含鳴人與兩位好友宇智波佐助、春野櫻和他們的導師「拷貝忍者」旗木卡卡西等。
査克拉（チャクラ，chakura）
源於印度瑜珈觀念中的脈輪，在日本動漫《火影忍者》中被引用為忍者使用任何忍術的基本能量。
忍者通過結合體內兩大能量—「身體能量（身體エネルギー，shintai enerugī）」和「精神能量（精神エネルギー，seishin enerugī）」來製造査克拉。其中，身體能量來自組成人體的數以萬計的細胞，而精神能量是通過自身經驗以及訓練身體所積累。
査克拉一旦生成，將會像血液循環一樣遍及全身，並且交付於361個釋放點之一(像是結合中國任督二脈的穴道理論)。査克拉的量越多，能使用更多的術的次數也越多，通常和忍者的體力成正比。控制査克拉的技術越好，則越能避免在使用術的時候浪費査克拉。通過進行12種不同手勢的基本結印，可以創造出超自然的能力，使用各式各樣的術。査克拉亦可強化身體的能力，甚至能於腳部放出査克拉在牆壁、天花板、水面上等各類地形行走。
尾獸的査克拉不論是質或量都遠遠超越人類的水平。
此外自然環境也存在著査克拉，「自然能量（自然エネルギー）」，是位於體外龐大的能量，先以不動的姿態冥想，透過與自然合而為一特殊感應吸引自然能量引進體內，混合身體能量、精神能量、自然能量三種能量平衡的査克拉——「仙術査克拉(仙術チャクラ)」。能夠把忍術、幻術、體術都能進行強化的「仙術」。不過若是自然能量太少，無法自成仙術査克拉；若是太多則會變化為青蛙等動物，若不停止最後會化為自然的一部分石化成像。能使用自然査克拉的忍者少之又少。
基本查克拉
體內有最基本的少量查克拉
兌換點數：１００
查克拉修練之法
五大忍者國的忍者村都有的標準查克拉修鍊法，查克拉因體力或精神增加修煉精神能量的速度
兌換點數：２０００
直接兌換查克拉量
依序兌換
下忍程度
兌換點數：１５００點，１點強化點數
中忍程度
兌換點數：２０００點，２點強化點數
上忍程度
兌換點數：３０００點，３點強化點數
暗部程度
兌換點數：３５００點，３點強化點數
傳說三忍程度
兌換點數：４０００點，３點強化點數
影級程度
兌換點數：５０００點，３點強化點數
起爆符
具有爆炸能力的符咒，通常把引爆符綁在苦無上，再投擲出去攻擊敵人
兌換點數：
煙霧彈
爆開後能產生煙霧遮蔽敵人視線的武器。
兌換點數：
風魔手裏劍
巨大的手裏劍，平時可摺疊收藏。
兌換點數：
禁術賦予物質査克拉之術－引爆黏土知識書
流傳於岩忍者村的禁術，原作地達羅由此忍術成功將查克拉賦予於黏土，創造出了引爆黏土
使用方法為用嘴咀嚼將黏土賦予查克拉，使其可隨意義爆炸以及如捏出的生物般行動
兌換點數：４０００
替身術
基本忍術之一，瞬間以動/植物與自己的身份對換，用以逃避攻擊。與其他術一樣具備高級等級的替身術，不過此處為基本忍術。
兌換點數：
分身術
基本忍術之一，分身術分出的不是實體，是幻影，只能混淆一般忍者的視線（如有寫輪眼和白眼都可以看穿），而且不具備攻擊能力。
兌換點數：
山中一族 秘傳術
心轉身之術
利用靈魂把精神集中在一點，以直線向敵人施展，使自己的靈魂侵入到對方的身體之中，控制其行動或伺機竊取情報，靈魂離體後，肉身將是完全無防禦的狀態。
被控制對象遭受生理上的傷害，施術者也會受到傷害。當對方意志力實在非常強大時，就算對方中術也無法控制身心。
兌換點數：
心轉分身之術
心轉身之術的進階版，同時控制兩個對方的精神和行動，而且釋放的精神能轉彎。
控制對象遭受生理上的傷害，施術者也會受到傷害。當對方意志力實在非常強大時，就算對方中術也無法控制身心。
兌換點數：
心亂身之術
將査克拉注入多名敵手體內控制其神經系統，自在操弄其行動，即使對方意志清醒也可以讓對方做出自己不想做的事，在面對多數敵人時，可讓對手自向殘殺。
此術沒有心轉身之術會失去自我意識的缺點，但控制力較心轉身之術差。當對方意志力實在非常強大時，就算對方中術也無法控制身心。
兌換點數：
（心轉身之術發術參考動作）
（心亂身之術發術參考動作）
『火影忍者』
境界主神兌換項目
『FATE』
最終境界主神領域
50
500
1,000